Malgré son nom, il n'est pas originaire d'Australie mais du pays basque et il se serait développé en Amérique du nord. 

Les basques avaient des chiens ressemblant beaucoup au Berger Australien, depuis des centaines d'années. Beaucoup de basques ont émigrés vers d'autres régions à la recherche d'un emploi, emmenant leurs chiens avec eux. certains sont partis vers l’Australie, pays connu pour ses élevages de moutons et sa production de laine. 

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Vers les années 1900, certains ont migré d'Australie vers les Etats-unis emmenant avec eux leurs chiens et leurs moutons. C'est la que leurs chiens se font remarquer, et que le standard des Berger Australien voit peu à peu le jour. 

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Aujourd'hui, le berger Australien est l'un des chiens les plus utilisés par les bergers Américains.

En France, il a fait sa réapparition depuis les années 1980.